У рамках підготовки заявлених спеціальностей в академії формуються наукові центри, науково-дослідницькі проекти, науково-дослідницькі осередки та науково-дослідні лабораторії, діяльність яких спрямована на розв'язання актуальних проблем освіти і науки, підготовку науково-педагогічних кадрів, підвищення рівня підготовки висококваліфікованих фахівців та сприятиме становленні наукових шкіл.
В академії налагоджено діяльність наукових інфраструктур, які працюють на громадських засадах.
НАУКОВА ШКОЛА:
МІЖНАРОДНІ НАУКОВІ ЦЕНТРИ:
- Міжнародний науковий центр «Вища освіта України в умовах європейської інтеграції»
(науковий модератор – к. пед. н., проф. Безносюк О. О.);
- Міжнародний науковий центр «Українсько-польське історичне пограниччя»
(науковий координатор – д. і. н., проф. Стронський Г.Й.)
НАУКОВІ ЦЕНТРИ:
- Науковий центр «Центр краєзнавства і туризму»
(науковий модератор – д. і. н., проф. каф. Скакальська І.Б.)
НАУКОВО-ДОСЛІДНИЦЬКІ ПРОЕКТИ:
- «Моніторинг стану флори Поділля та фізіології вищих рослин» (координатор – к. б. н., доц. Галаган О. К.)
НАУКОВО-ДОСЛІДНИЦЬКІ ОСЕРЕДКИ:
- «Проблеми художньо-естетичної освіти та виховання студентської молоді в умовах національного відродження» (науковий керівник – д. пед. н., проф. Дем’янчук О. Н.)
- «Оптимізація фізичного виховання і спорту в системі освіти» (науковий керівник – к. б. н., проф. Довгань О. М.)
- «Вплив етнопсихологічних життєвих орієнтацій на самоактуалізацію студентської молоді» (науковий керівник – к. психол. н., доц. Боднар М.Б.)
НАУКОВІ ЛАБОРАТОРІЇ:
- науково-дослідна лабораторія «Екологічний моніторинг та експериментальна біологія» (науковий координатор – д. б. н., професор кафедри біології, екології та методик їх навчання Ільєнко М. М.);
- навчально-наукова лабораторія «Фізкультурно-педагогічні чинники формування здорового способу життя молоді» (науковий координатор – к. б. н., професор, професор кафедри теорії та методики фізичного виховання Чижик В. В.);
- науково-дослідна лабораторія «Творчість Уласа Самчука та Бориса Харчука: художній літопис ХХ ст.» (науковий координатор – к. філол. н., доцент, доцент кафедри української мови і літератури та методик їх навчання Василишин О.В.);
- науково-дослідна лабораторія «Проблеми людини та філософії здоров’я» (науковий координатор – к. б. н., доцент, доцент кафедри біології, екології та методик їх навчання Головатюк Л. М.);
- науково-дослідна лабораторія з дослідження локальної історії та музеєзнавства (керівник – завідувачка кафедри історії та методики навчання, д. і. н., професор Скакальська І. Б.);
- науково-дослідна лабораторія «Виховні технології у системі безперервної освіти» (науковий координатор – завідувачка кафедри психології і соціальної роботи, к. пед. н., доцент Новак Т. В.);
- науково-дослідна лабораторія «Особистість і соціум» (науковий керівник – доктор філософії, старший викладач кафедри психології і соціальної роботи Заблоцький А. Р.);
- науково-дослідна лабораторія «Інновації в біологічній та екологічній освіті» (науковий керівник – к. пед. н., викладач кафедри біології, екології та методик їх навчання Бондаренко Т. Є.);
- науково-дослідна лабораторія «Нова українська школа в умовах викликів сучасності» (науковий координатор – к. пед. н., доцент, доцент кафедри психології і соціальної роботи Фіголь Н. А.).
- науково-дослідна лабораторія «Життя і творчість Юліуша Словацького та Тимоша Падури у культурному просторі м. Кременця» (керівник – д. філол. н., професор кафедри іноземних мов та методик їх навчання Глотов О. Л.);
- науково-дослідна лабораторія «Актуальні проблеми технологічної та професійної освіти» (керівник – д. пед. н., професор кафедри теорії і методики трудового навчання та технологій Курач М. С.);
- «Науково-дослідна лабораторія функціональної діагностики та біомеханіки спорту» (керівник – к. н. з фіз. вих. та спорту, доцент кафедри теоретико-біологічних основ фізичного виховання Банах В. І.).